Az egyes Natura 2000 hálózatba bevont élőhelyek kijelölésénél fontos elem, az Európai Unió számára kiemelt figyelmet érdemlő bizonyos növény- ás állatfajok jelenléte az adott területen. Ezeket a fajokat nevezzük Natura 2000 jelölő fajoknak.
- Lepkék
- Kétéltűek és hüllők
- Növények